健康管理システムの費用相場は？導入メリットと選び方を徹底解説

健康管理システムとは、従業員の健康診断結果や労働時間、ストレスチェック結果といった健康データを一元管理できるITシステムを指します。従来のExcel管理から脱却し、効率的かつ正確な健康データ管理を実現するツールです。

多くの企業では、Excel管理による課題に直面しています。各健診機関ごとのデータ形式のばらつきにより手入力作業が発生し、見えないコストが膨らんでいるケースが典型例です。健康診断、ストレスチェック、勤怠データがバラバラに管理され、連携が不十分な状況も珍しくありません。

労働基準監督署への報告書作成に時間がかかり、従業員フォローが後手に回ってしまう問題もあります。健康管理業務の専任担当がおらず、他の労務業務と兼務しているため、常に時間に追われている企業も多いでしょう。

健康管理システムは、これらの課題を根本的に解決する現代的なソリューションとして注目を集めています。デジタル化による業務効率化を通じて、人事担当者の負担軽減と従業員の健康管理品質向上を同時に実現可能です。

健康管理システムの導入により、企業は以下のような複数の観点から大きな効果を期待できます。

健康管理業務の自動化により、人事担当者の作業時間を大幅に削減できます。健康診断結果の入力やストレスチェックの集計、保健指導対象者の抽出といった業務が効率化され、年間数百時間の工数削減が見込まれます。

こうした業務効率化による人件費削減効果を主な指標とした場合、投資回収の目安として2〜3年を想定するケースもあります。ただし、実際の回収期間は企業の規模や導入目的、活用範囲によって大きく異なります。

また、健康管理システムの効果は直接的なコスト削減にとどまりません。離職率の低下、採用・教育コストの抑制、生産性向上（プレゼンティズム改善）、休職者減少による損失回避など、幅広い面で企業価値向上に寄与します。こうした間接的・長期的な効果も踏まえ、経営層への報告や意思決定を行うことが重要です。

システムによる健康データの継続的な分析により、従業員の健康リスクを早期に発見できるようになります。生活習慣病の予防や精神的な不調の早期対応が可能となり、医療費の削減や休職・離職率の低下につながるでしょう。

結果として、企業の人材確保と生産性向上に大きく貢献します。従業員の健康状態を予測的に管理することで、組織全体のパフォーマンス向上も期待できます。

健康管理システムの導入は、企業が従業員の健康を重視している姿勢を明確に示すことができます。従業員満足度の向上に直接的につながり、エンゲージメントの向上も期待できるでしょう。

健康経営優良法人の認定取得にも有利となり、採用活動や企業ブランディングにおいて競合他社との差別化要因となります。優秀な人材の獲得と定着に大きく貢献するでしょう。

健康管理システムの導入により、これまでバラバラに管理されていた健康診断、ストレスチェック、勤怠データなどが一元管理されます。全社的な健康経営の具体的な第一歩を踏み出すことが可能です。

従業員の健康状態や傾向をリアルタイムで把握し、データに基づいた戦略的な健康施策の立案が実現できます。健康経営優良法人認定に向けた取り組み状況も可視化でき、企業としての健康経営への本格的な取り組みを推進できるでしょう。

システム導入による工数削減効果、医療費削減効果、生産性向上効果などを定量的に測定・数値化できるため、経営層への投資対効果の報告が容易になります。

健康管理業務の効率化による人件費削減、従業員の健康状態改善による医療費抑制など、具体的な数値で成果を示すことが可能です。継続的な健康経営投資への理解と承認を得やすくなり、長期的な健康経営戦略の推進に寄与します。

健康管理システムの選定では、自社の状況に適したシステムを見極めることが重要です。以下の4つの観点から検討しましょう。

まず自社の健康管理における課題を明確にすることが重要です。

「労働安全衛生法などの法令遵守が最低限の目的なのか」「人事・総務担当者の業務効率化が主眼か」「従業員の健康を増進し、生産性向上や人材定着に繋げる戦略的な健康経営を目指すのか」などの目的を整理したうえで、健康診断データの管理、ストレスチェック機能、保健指導支援、勤怠データとの連携など、必須機能と任意機能を整理し、最も合致するシステムを選定します。

過不足のない機能選択がコスト最適化の鍵となります。高機能すぎるシステムを選ぶと無駄なコストが発生し、機能不足では業務改善効果が限定的になってしまうでしょう。

導入費用だけでなく、運用費用や将来的な拡張コストも含めた総保有コスト（TCO）を3～5年スパンで試算することが必要です。

そのため、ウェブサイトに掲載されている価格表だけでなく、初期設定費用、データ移行費用、オプション機能、サポート費用、連携費用など、全ての潜在的コストを確認することが重要です。これにより、予算に対する費用対効果を定量的に評価し、段階的な導入も検討することで、無理のない導入計画を立てることができます。

短期的なコストだけでなく、中長期的な視点での投資回収期間を検討することが重要です。

また、費用対効果（ROI）の多層的提示の為には、単純な工数削減によるコストメリットに加え、離職率低下による採用コスト削減や休職者減による損失回避、そして「健康経営優良法人」認定による企業ブランド向上や採用競争力強化といった、長期的・戦略的な価値を具体的に盛り込むと効果的です。

健康情報は機密性の高い個人情報のため、強固なセキュリティ対策が不可欠です。データの暗号化、アクセス制御、ログ管理などの技術的対策に加え、プライバシーマーク取得やISMS認証などの第三者認証を確認しましょう。

信頼性の高いベンダーを選択することで、情報漏洩リスクを最小化できます。

システム導入時の設定支援や従業員向けの操作研修、運用開始後のヘルプデスク対応など、ベンダーのサポート体制充実度を確認することが重要となります。

従業員が日常的に利用するシステムのため、直感的に操作でき、スマートフォン対応や見やすい画面設計など、ストレスなく利用できるユーザーインターフェースであることが定着率を左右します。健康管理業務の専任担当がいない企業では、特に操作の簡単さと継続的なサポート体制が成功の分かれ目となるでしょう。

健康管理システムを選定する際には、基本機能だけでなく、以下のような追加の確認ポイントも重要です。既存の人事システムとの連携や将来的な従業員数の増加対応、法改正への自動対応などをチェックし、スムーズで効率的な運用を目指しましょう。

健康管理システムの導入は、企業の成長段階や担当者さまのお悩みによって最適な選択肢が異なります。そこで、よくある2つのケース別に、失敗しないシステム選びのポイントをわかりやすく解説します。

従業員数が300名を超え、Excelでの健康診断結果管理に限界を感じている企業は多いです。

「健診機関ごとにフォーマットがバラバラで毎月20時間以上の手入力が発生し、本来の従業員フォローが後回しに…」といったお悩みもよく聞きます。

このような場合は、まずは「手間をいかに減らすか」に注目したシンプルで使いやすいシステムを選ぶことが重要です。

健康管理システムの費用は、機能やサービス内容、企業規模によって大きく変動します。目先の単価だけでなく、年間を通じてかかる総所有コスト（TCO）で比較検討することが重要です。

複数のベンダーから見積もりを取り、自社の予算と必要機能のバランスを考えた選択が成功の鍵となります。

「健診、ストレスチェック、勤怠のデータがバラバラで、組織全体の健康課題を正確に把握できない…」
「経営層から『健康経営の投資対効果（ROI）は？』と問われても、具体的なデータを示せず説得力に欠ける…」

このようなケースの場合は、散在するデータを統合・分析し、データドリブンな健康経営の実現が課題となります。

そのため、単なる効率化ツールではなく、経営課題解決のための「分析基盤」としてシステムを選ぶ視点が重要です。

高度な機能や他システムとの連携を必要とする場合、健康管理システムの費用は要件次第で大きく変動します。そのため、複数のベンダーから見積もりを取り、3〜5年程度の期間でかかる総所有コスト（TCO）を比較検討することが重要です。

これにより、費用対効果の高い最適なシステム選定が可能になります。

健康管理システムの導入は価値ある投資ですが、コストは無視できません。国の支援制度を戦略的に活用すれば、導入負担を大幅に軽減できる可能性があります。自社の目的に合った制度を見極めましょう。

この補助金は、中小企業・小規模事業者等の労働生産性の向上を目的としており、健康管理システムの導入による業務効率化が目的の場合は、その趣旨に合致します 。

申請は、経済産業省が認定した「IT導入支援事業者」とパートナーを組んで進めるのが特徴です 。クラウドサービスの利用料も最大2年分が補助対象となるため、初期コストを大幅に抑えられます 。

通常枠、インボイス枠などの申請枠ごとに、補助対象、補助率、上限額が異なりますので注意が必要です。

交付申請の要件にはGビズIDプライム（ID・パスワード等）が必要となります。GビズIDプライムをお持ちでない場合は「GビズID」ホームページより取得が必要です。

また、独立行政法人情報処理推進機構（IPA）が実施する「SECURITY ACTION」の宣言が必要になります。

※参考：令和6年度 IT導入補助金の概要（中小企業庁）
※参考：新規申請・手続きフロー詳細 ｜ IT導入補助金2025
※参考：GビズID | Home
※参考：SECURITY ACTION セキュリティ対策自己宣言

2020年4月1日より、中小企業に時間外労働の上限規制が適用されたことから、生産性を向上させ、時間外労働の削減、年次有給休暇や特別休暇の促進に向けた環境整備に取り組む中小企業事業主を支援する為の制度です。

この助成金は、システムを買うための資金ではなく、「労働時間を月60時間以下にする」といった「成果目標」を達成した企業に、かかった経費の一部が事後的に支給される制度です  。

「長時間労働の是正」といった目標があり、その手段としてシステム導入を検討している場合などに活用できます。なお「労働時間短縮・年休促進支援コース」などのコース別や、設定した成果目標の内容や達成度によって支給額が変動する点に注意しましょう。

また、令和7年の交付申請受付は11月28日までですが、予算に制約される為、予告なく交付申請の受付が締め切られるリスクがありますので、検討される場合は早期の申請を推奨します。

※参考：働き方改革推進支援助成金（業種別課題対応コース） ｜厚生労働省
※参考：働き方改革推進支援助成金（労働時間短縮・年休促進支援コース） ｜厚生労働省
※参考：働き方改革推進支援助成金（勤務間インターバル導入コース） ｜厚生労働省
※参考：働き方改革推進支援助成金（団体推進コース）｜厚生労働省

健康管理システムの導入は、業務の効率化や健康リスクの早期発見、従業員満足度の向上といった多面的なメリットをもたらします。クラウド型なら初期費用を抑えつつスモールスタートが可能で、パッケージ型はより高度で広範な運用に対応でき、中長期的な費用対効果を得ることが期待できます。

システム選定では、自社の健康課題に合った機能、操作性、セキュリティ水準、継続運用の体制を総合的に検討することが大切です。また、企業規模に応じた導入アプローチや補助金の活用も、費用負担の軽減につながります。

こうした背景のもと、パーソルビジネスプロセスデザインの「Health Data Bank」は、健診結果・ストレスチェック・長時間労働などの健康関連情報を一元管理し、リスクの早期発見と施策改善を支援します。システムの提供にとどまらず、運用設計や改善提案までトータルでサポートすることで、Excel管理に限界を感じる企業の健康経営を着実に次のステージへと導きます。

健康経営の推進や業務効率化に課題を感じている企業様は、ぜひ一度導入をご検討ください。